İstanbul Bilgi Üniversitesi, Uluslararası İlişkiler ve Siyaset Bilimi Bölümü öğretim üyesidir. 2011 yılı itibariyle Avrupa Birliği Komisyonu tarafından Jean Monnet Profesörü olarak ödüllendirilmiştir. Kaya halihazırda, 2019 yılında başlayan ve 2023 yılı sonuna kadar sürecek olan Avrupa’da gençler arasında yükselen radikalleşme konulu bir Avrupa Araştırma Konseyi çalışması yürütmektedir (ERC Advanced Grant). 2016-2017 Akademik yılında Floransa’da bulunan European University Institute içinde Jean Monnet Fellow olarak araştırmalarını yürüten Avrupa’da Yükselen Aşırı Sağ hareketler ve Türkiye’deki Suriyeli Mülteciler konusunda araştırmalarını yürüten  Kaya’nın, diyasporalar, kimlik, uluslararası göç, etnisite, milliyetçilik, çokkültürcülük, yurttaşlık, ulusaşırı alan, mülteciler, popülizm ve sürdürülebilir kalkınma gibi konular hakkında kitap, makale ve tercümeleri vardır.

Kaya, 2016-2017 yılında Foransa’daki European University Institute’da çalışmalarını yürütürken aynı dönemde New York University Floransa Kampüsünde misafir öğretim üyesi olarak dersler vermiştir; 2013 Yılında Aziz Nesin Profesörü olarak Almanya’da Viadrina Avrupa Üniversitesi’nde ve 2011 yılında da Willy Brandt Profesörü olarak İsveç’te Malmö Üniversitesi’nde araştırmalarına devam etmiş ve dersler vermiştir.

Kaya, aynı zamanda, Populism and Heritage in Europe: Lost in Diversity and Unity (London: Routledge, 2019); Populism in European Memory (London: Routledge, 2019, Chiara de Cesari ile ortak derleme kitap); Turkish Origin Migrants and Their Descendants: Hyphenated Identities in Transnational Space (Palgrave, 2018); Europeanization and Tolerance in Turkey: The Myth of Toleration (London: Palgrave, 2013); Islam, Migration and Integration: The Age of Securitization (Londra: Palgrave, 2012); Sicher in Kreuzberg: Constructing Diasporas (Bielefeld: transcript verlag, 2001); Berlin’deki Küçük İstanbul (İstanbul: Büke Yayınları, 2000), Ferhat kentel ile birlikte ve Euro-Türkler: Türkiye-Avrupa Birliği İlişkilerinde Köprü mü Engel mi? (Istanbul Bilgi Üniversitesi Yayınları, 2005; İngilizce baskısı CEPS Brüksel, 2005) ve Ferhat Kentel ile Belçika-Türkleri  (King Baudouin Vakfı, 2008) adlı dört kitap kaleme almıştır.. Kaya’nın, Murt Erdoğan ile derlediği 14. Yüzyıldan Günümüze Türkiye’ye Göçler (İstanbul Bilgi Üniversitesi Yayınları, 2015), merhum Emre Işık ve diğerleri ile birlikte kaleme aldığı Günümüz Türkiyesi’nde Göçler (İstanbul Bilgi Üniversitesi, 2008), Bahar Şahin ile derlediği Kökler ve Yollar: Türkiye’de Göç Süreçleri (Istanbul Bilgi Üniversitesi Yayınları, 2007), Turgut Tarhanlı ile birlikte derlediği Türkiye’de Çoğunluk ve Azınlık Politikaları: AB Sürecinde Yurttaşlık Tartışmaları (Istanbul: TESEV Yayınları, 2005) adlı bir derleme kitabı, Günay Göksu Özdoğan ile birlikte derlediği Uluslararası İlişkilerde Sınır Tanımayan Sorunlar (İstanbul: Bağlam Yayınları, 2004) adlı bir diğer kitap derlemesi ile birlikte Emre Işık ile birlikte derlediği Toplumbilim Dergisi Kütürel Çalışmalar Özel Sayısı (Sayı 14, Ekim 2000) şeklinde bir dergi derlemesi mevcuttur. Ayrıca, Friedrik Barth, Etnik Gruplar ve Sınırları (İstanbul: Bağlam Yayınları, 2000: Seda Gürkân ile birlikte) ve T.H. Marshall ve Tom Bottomore, Toplumsal Sınıflar ve Yurttaşlık (Istanbul Bilgi Üniversitesi Yayınları, 2006) şeklinde iki çeviri kitap yayınlamıştır.

Kaya, 2003 yılı Sosyal Bilimler Derneği Araştırma ödülü ile 2005 yılı Türkiye Bilimler Akademisi Ödülüne layık görülmüştür. Kaya, Bilim Akademisi üyesidir.